В 1999 году приказом Министерства образования Международный институт по радиоэкологии им. А. Д. Сахарова (МИР) преобразован в Международный экологический университет им. А. Д. Сахарова (МЭУ). Впоследствии университет приобрел новую аббревиатуру - МГЭУ им. А. Д. Сахарова (Международный государственный экологический университет им. А. Д. Сахарова).
В настоящее время в состав университета входят пять факультетов: факультет мониторинга окружающей среды, факультет экологической медицины, факультет заочного обучения, факультет довузовской подготовки и факультет повышения квалификации.